В издательстве ЮНЦ РАН в целях освещения результатов исследований сотрудников ежегодно выходят монографии и сборники научных трудов, а также материалы конференций. В Академиздатцентре «Наука» с 2004 г. издается журнал «Вестник Южного научного центра РАН», ежегодно выходит 4 номера. Собственными силами выпускается журнал «Кавказский энтомологический бюллетень», включенный с 2010 г. в перечень ведущих периодических изданий, рекомендованных ВАК РФ.

               ЮНЦ РАН имеет свой научно-исследовательский флот, в составе которого два научно-исследовательских судна – «Денеб» и « Профессор Панов», 10 единиц маломерных судов. Это позволяет ежегодно выполнять более 50 экспедиций и экспедиционных выездов. На научно-экспедиционной базе «Кагальник» развернут аквариальный комплекс для разработки технологий по сохранению и восстановлению редких и исчезающих видов рыб Азово-Черноморского и Каспийского бассейнов.

               Ежегодно ученые Центра выполняют более 150 научно-исследовательских проектов, в том числе в рамках Программы фундаментальных исследований государственных академий наук, Федеральных целевых программ «Научные и научно-педагогические кадры инновационной России», «Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса России на 2007–2013 годы», «Мировой океан», по грантам Российского фонда фундаментальных исследований, Российского гуманитарного научного фонда и грантам Президента РФ. Кроме того Центром выполняется большой объем хоздоговорных работ.

Для обеспечения обмена результатами научных исследований Центром ежегодно проводится ряд конференций, посвященных наиболее актуальным проблемам развития науки. В мероприятиях принимают участие специалисты из различных научных учреждений и организаций России и зарубежья.

Результаты работ сотрудников ЮНЦ РАН отражаются в публикациях, в особом приоритете публикации в рецензируемых журналах, имеющих импакт-фактор и зарубежных журналах. Сотрудниками Центра ежегодно защищается порядка 3-4 докторских и 10 кандидатских диссертаций.

Одной из стратегических задач ЮНЦ РАН является тесная интеграция с ведущими ВУЗами. На базе Южного федерального университета, Северо-Кавказского федерального университета, Кубанского и Волгоградского государственного университетов, Астраханского государственного технического университета и Донского государственного технического университета, Ростовского государственного университета путей сообщения созданы базовые кафедры и научно-образовательные центры. Ежегодно более 200 студентов проходят практику в ЮНЦ и Институтах.

Центр уделяет большое внимание вопросам инновационной деятельности: в целях практического внедрения результатов интеллектуальной деятельности» ЮНЦ РАН учреждено хозяйственное общество ООО ИНПП «ИНТОС».

В структуре ЮНЦ РАН в 2011 г. создан Музей казачества, этнографии и культуры Приазовья с целью организации долговременных стационарных наблюдений за формами бытования и процессами трансформации традиционной культуры рыбаков дельты Дона, а также постановки ряда экспериментов в русле апробации и развития методики устноисторических и этнолингвистических исследований.